Hasil penelitian LIPI menemukan ada empat akar masalah utama yang menjadi permasalahan di Papua, yaitu soal marjinalisasi dan diskriminasi, pelanggaran hak asasi manusia, kegagalan pembangunan, dan perdebatan soal sejarah politik. Kebiasaan tersebut kemungkinan dipengaruhi oleh keberadaan "kota praja" dan "kota administratif" dalam sistem pembagia